اندیشکده تعاون، به عنوان نخستین اندیشکده حوزه تعاون کشور و منطقه، با هدف پوشش خلا نظری در حوزه تعاون با همکاری معاونت تعاون وزات تعاون، کار و رفاه اجتماعی و معاونت فرهنگی جهاد دانشگاهی تأسیس گردید تا بتواند خلاهای فکری و نظری موجود در امر تصمیم سازی، قانونگذاری و اجرا را پوشش دهد.
اندیشکده تعاون نیز طی عقد تفاهم نامه میان وزارت تعاون، کار و رفاه اجتماعی و جهاد دانشگاهی به عنوان اصلی ترین اتاق فکر بخش تعاون با تاکید بر استفاده از تجارب جهانی و استفاده از الگوهای موفق جهانی و بومی سازی آن برای استفاده در کشور تشکیل شده است.